La storia della Chiesa Madre inizia in epoca normanna.
Il geografo arabo Al Idrisi al servizio di re Ruggero ci racconta … Marsala, un tempo distrutta e abbandonata, la restaurò il conte Ruggero e la cinse di mura tanto che essa si ripopolò e si munì di mercati e di botteghe …

Sembra essere stata edificata, sulla traccia di una Basilica paleocristiana, secondo l’uso normanno di costruire i luoghi sacri su edifici di culto preesistenti.

Il Duomo normanno fu eretto intorno al 1176 e dedicato al Santo inglese Tommaso Becket divenuto simbolo di libertà e di dignità umana oltre che di fedeltà a Cristo e alla Sua Chiesa.
La lotta condotta tra potere regale e potere ecclesiastico gli costò la vita. E’ ricordato per il martirio in numerose tele e dipinti. Cancelliere d’Inghilterra fu in seguito eletto vescovo di Canterbury, e nonostante l’amicizia stretta con il re Enrico II fu condannato all’esilio per l’ostinato orgoglio. Si oppose al re che rivendicava alle corti secolari il diritto di giudicare gli ecclesiastici. Fu assassinato, nella sua cattedrale, la sera del 29 dicembre 1170, da quattro cavalieri convinti di far cosa gradita al re. Fu santificato nel 1173 da Alessandro III.

Nel tempo il monumento ha subito importanti modifiche, ricostruzioni e restauri, e grazie alla cooperazione ed alle donazioni di privati cittadini ed alle confraternite laiche delle maestranze, la Chiesa Matrice su salvata dal degrado. Divenne fulcro di cristianità e d’arte, per il linguaggio composito che ha assunto nel corso dei secoli, fatto di stili diversi e di gusti architettonici raffinati.

Tra il XVI ed il XVII secolo nacquero molte confraternite formate da ceti e maestranze alle quali fu affidata la manutenzione e la cura delle cappelle e gli atti di culto che in esse si svolgevano.
Oltre a quella dei falegnami, dei sarti, dei fabbri e dei calzolai che gestivano la Cappella del SS. Sacramento si aggiunsero altre confraternite: quella degli agricoltori che curano la cappella di SS. Simone e Giuda, quella dei massari con la Cappella dedicata a S. Cristoforo, quella dei pescatori dediti allla Cappella della Madonna della Provvidenza.
La Chiesa fu consacrata il 31 agosto 1821 dal marsalese Mons. Isidoro Spanò, vescovo di Nemesi e abbellita dopo qualche anno della maestosa Cupola.

Abside sinistra
Ai due lati dell’abside, addossate ai piloni, la statua di San Vincenzo Ferreri del 1554 e la statua di San Tommaso del 1561 ambedue attribuite ad Antonello Gagini.
Nel vano absidale, la tela raffigurante il martirio di San Tommaso Becket del 1656 opera di Leonardo Milazzo.
Sotto di essa il grande organo costruito nel 1915 da Michele Polizzi e l’altare di marmo del 1929, opera dell’artigiano marsalese Michele Giacalone. Del secolo scorso è invece il monumentale coro ligneo con otto scanni per lato.

Cappella del Battistero.
Al suo interno è posta la Fonte battesimale del XVII sec., in marmo, sormontata da una custodia in legno a forma ottagonale. La tela del XVIII secolo, d’autore ignoto, raffigura il Battesimo di Cristo.

Cappella di San Cristoforo
Protettore dei viandanti, retta dai massari, uomini di fatica, contadini addetti alla pulizia della chiesa.

Cappella di Santa Rosalia
Sull’altare è posta una scultura della cosiddetta Madonna della Grotta proveniente dalla stessa chiesa.

Cappella di San Mattia
Appartenuta alla famiglia Salazar riprende il nome dalla tela, d’artista ignoto, del XVIII secolo raffigurante il Santo.

Cappella della Sacra Famiglia
Sull’altare, realizzato in legno e in vetri dipinti da un artigiano locale, si colloca una tela del XVIII secolo raffigurante la Sacra Famiglia.

Cappella del Crocifisso
L’altare settecentesco di gusto tardo barocco, rivestito da pregiati marmi siciliani ospita un Crocifisso ligneo del XV dello scultore marsalese De Crescenzo.

Cappella della Madonna del Soccorso.
Sull’altare è posta la Madonna del Soccorso detta la Madonna della Mazza ( primi del XVI secolo) e il sarcofago della famiglia Liotta a cui apparteneva la cappella.

Cappella del Santissimo Sacramento.
Retta dalle quattro più antiche maestranze: falegnami, sarti, fabbri e calzolai. Per volontà di questi fu ornata da custodia marmorea con arco che subì molte vicende.
I lavori furono affidati allo scultore Bartolomeo Berrettaro con la collaborazione del fratello Antonino ed in seguito alla sua morte ad Antonello Gagini che si avvalse della collaborazione del figlio Giandomenico (circa 1525-27).
Nella parete in fondo alla cappella sopra l’altare troviamo le quattro formelle con i Santi Eligio, Oliva, Giovanni Battista e l’Arcangelo Gabriele, al centro la formella del Calice e l’Ostia sovrastata da una Crocefissione delimitata dall’Annunciazione e in alto Dio Padre. Continuando la lettura ai lati della centrale troviamo le dodici formelle che rappresentano scene della Passione di Cristo e nei due tondi posti in alto i busti di Daniele e di Geremia e nella predella Cristo e i dodici Apostoli.
L’altare è in marmi misti siciliani, ospita due preziosi manufatti di argentieri siciliani: il paliotto e il tabernacolo.

Transetto sinistro
Ospita sull’altare la statua del Sacro Cuore del XX secolo e sopra di essa una tela raffigurante i Santi Pietro e Paolo.

Cappella della Santissima Trinità
Dedicata alla Trinità, la cappella accoglie sull’altare un dipinto che raffigura due Santi carmelitani inginocchiati davanti alla Trinità, opera riferita agli inizi del XVIII secolo.

Cappella della Madonna del Rosario già Cappella della Pentecoste
La Cappella era dedicata alla Pentecoste come dal tema raffigurato nella tela posta sopra l’altare. Attualmente prende il nome dal gruppo ligneo formato dalla Madonna e dai Santi Domenico e Caterina.

Cappella del vescovo Pascasino già Cappella dei Pescatori
La Cappella appartenente alla confraternita dei pescatori che avevano in cura la novena di Natale, accoglieva una piccola Madonna in gesso detta della Provvidenza o del Buon Consiglio.
Sull’altare di marmo e vetri è posto un dipinto eseguito nel 1979, affresco del pittore marsalese Tano De Simone, raffigurante Pascasino, vescovo di Lilibeo (c. 390-455), uomo di fede molto stimato ed ammirato da papa Leone Magno per le sue qualità morali e spirituali.

Cappella dei Quattro Santi incoronati già Cappella dei Muratori
Severo, Severino, Carpoforo, e Vittorino martiri sotto Diocleziano sono il soggetto che farà dipingere su tela la confraternita dei murifabbri nel 1699.

Cappella dei Santi Simone e Giuda già Cappella dei Bottai
Custodi della cappella, erano i bottai. Si intravede l’immagine dei Santi Simone e Giuda di fine sec. XVIII, che richiama al dipinto tardo-barocco posto sull’altare.
La cappella è anche detta della Madonna di Portosalvo protettrice dei naviganti, per la presenza di una madonna lignea del 1593.

Cappella di San Giovanni Nepomuceno
o dei Fabbri e dei Maniscalchi
Fu dedicata al Santo Giovanni Nepomuceno, protettore della città di Praga e dei confessori, martirizzato per aver mantenuto il segreto della confessione.
La tela rappresenta l’Apoteosi del Santo innalzato da una schiera di angeli verso la Vergine.

Dopo un lungo periodo di lavori, alla fine del 1902, fu completata la volta della navata centrale, le cappelle attigue all’altare maggiore, furono rifatti i pavimenti e l’altare in marmo del presbiterio e nel 1947 fu rialzata la cupola.